¿Cómo se aplica la prescripción en contratos realidad con el Estado? – Expediente Consejo de Estado No. 02442 de 2025

RESUMEN: ¿Cómo se aplica la prescripción en contratos realidad con el Estado? El Consejo de Estado emitió una sentencia en la que analizó la aplicación de la prescripción de derechos laborales en casos de contrato realidad frente a entidades públicas. El fallo responde a una disputa presentada por un trabajador que prestó servicios durante más de dos décadas bajo contratos sucesivos de prestación de servicios. La discusión principal giró en torno a si los derechos prescriben tres años después de cada contrato o desde la terminación del último vínculo.

¿Qué establece la sentencia?

La Sala de lo Contencioso Administrativo recordó que:

• El término de prescripción es de tres (3) años, conforme al artículo 41 del Decreto 3135 de 1968 y al artículo 102 del Decreto 1848 de 1969.
• Este plazo se cuenta a partir de la terminación del vínculo contractual, según la jurisprudencia unificada (Sentencia SUJ2-005-16 de 2016 y SUJ-025-CE-S2-2021 de 2021).
• Si entre contratos sucesivos la interrupción es menor a 30 días hábiles, se entiende que no hay solución de continuidad.
• Cuando existen interrupciones prolongadas e injustificadas, estas sí rompen la continuidad y obligan a analizar la prescripción de manera independiente para cada contrato

¿A quiénes aplica y cuáles son los efectos?

Esta decisión afecta principalmente a:

• Trabajadores por prestación de servicios que busquen el reconocimiento de un contrato realidad.
• Entidades públicas, que deben ajustar sus defensas jurídicas frente a demandas laborales.
• Empresas privadas con esquemas similares, que pueden verse impactadas por la doctrina judicial.

En el caso concreto, el Consejo de Estado analizó más de 20 años de vínculos sucesivos de un instructor. Determinó que una interrupción de 779 días rompió la continuidad, lo que obligaba a declarar la prescripción parcial de ciertos periodos. Sin embargo, reconoció que interrupciones por vacaciones académicas no afectan la continuidad laboral

Ejemplo práctico: si un contratista terminó un contrato en 2019 y reclamó en 2020, sus derechos aún estaban vigentes. Pero si tuvo pausas largas y no reclamó en tres años desde la finalización de esos contratos, opera la prescripción.

Recomendaciones y cumplimiento

Para trabajadores y empleadores:

• Trabajadores: deben presentar reclamaciones dentro de los tres años siguientes a la terminación del contrato para evitar la prescripción.
• Empleadores públicos: deben revisar interrupciones y justificaciones antes de alegar la prescripción.
• Empresas privadas: aunque la norma se aplica al sector público, la doctrina de primacía de la realidad también puede incidir en litigios laborales.

El Consejo de Estado insiste en que no puede aplicarse la prescripción de forma “mecánica”, pues ello validaría la evasión de obligaciones laborales por parte de los empleadores.

Ver a continuación Expediente Consejo de Estado sobre: ¿Cómo se aplica la prescripción en contratos realidad con el Estado?

CONSEJO DE ESTADO

SALA DE LO CONTENCIOSO ADMINISTRATIVO SECCIÓN CUARTA

CONSEJERO PONENTE: WILSON RAMOS GIRÓN (E)

Bogotá D.C, treinta y uno (31) de julio de dos mil veinticinco (2025)

Referencia:        ACCIÓN DE TUTELA

Radicación:          11001-03-15-000-2025-02442-01

Demandante:       SNDA – SNDA

Demandado:        CONSEJO DE ESTADO, SECCIÓN SEGUNDA, SUBSECCIÓN B

Tema:                  Tutela contra providencia judicial.

 SENTENCIA SEGUNDA INSTANCIA                                                                                                               

La Sala decide la impugnación presentada por el SNDA (en adelante SNDA) contra la providencia de 5 de junio de 2025, dictada por el Consejo de Estado, Sección Quinta, que resolvió:

«PRIMERO: NEGAR las solicitudes de desvinculación elevadas por Positiva Compañía de Seguros S.A., Protección S.A., Porvenir S.A., E.P.S. Suramericana de Seguros S.A. y Colpensiones.

SEGUNDO: DECLARAR improcedente la acción de tutela por no superar el requisito de relevancia constitucional.».

1. ANTECEDENTES

1.    Pretensiones

El 28 de abril de 2025, el SNDA, interpuso acción de tutela contra el Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección B por estimar vulnerados los derechos fundamentales al debido proceso, de acceso a la administración de justicia, a la igualdad y el principio de legalidad.

Si bien, no formuló las pretensiones de forma expresa, aclaró que la solicitud de amparo no se dirige a cuestionar la totalidad de la sentencia de segunda instancia proferida por la autoridad judicial demandada el 18 de julio de 2024, sino que se circunscribe exclusivamente al numeral cuarto de la parte resolutiva, en el cual se

«declaró la prescripción de los salarios y prestaciones dejados de percibir antes del 21 de noviembre de 1999, salvo lo relativo a los aportes a pensión».

2.    Hechos

De la lectura del expediente, se advierten como hechos relevantes los siguientes:

Jorge Mario Isaza Hernández presentó demanda en ejercicio del medio de control de nulidad y restablecimiento del derecho contra el SNDA, en el que solicitó la nulidad del oficio de 20 de agosto de 2020, por medio del cual negó el reconocimiento de la existencia de una relación laboral y el pago de las prestaciones sociales derivadas de ella.

Al respecto, expuso que prestó sus servicios al SNDA en el cargo de instructor entre el 15 de diciembre de 1994 y el 15 de diciembre de 2019, mediante varios contratos de prestación de servicios sucesivos. Sostuvo que, en aplicación del principio de primacía de la realidad sobre las formas, dicha vinculación encubrió una verdadera relación laboral.

Como consecuencia de lo anterior, y a título de restablecimiento del derecho, solicitó que se declarara la existencia de una relación laboral por el período comprendido entre el 15 de diciembre de 1994 y el 15 de diciembre de 2019, se condenara al SNDA a liquidar y pagar los salarios y las prestaciones sociales dejadas de percibir, el pago de la indemnización por despido injusto y la devolución de los aportes al sistema de seguridad social que fueron sufragados por el demandante.

El 28 de octubre de 2021, el Tribunal Administrativo de Antioquia negó las pretensiones de la demanda, con fundamento en los siguientes argumentos.

• Encontró acreditado que el señor Jorge Mario Isaza Hernández prestó sus servicios personales al SNDA como instructor y que, al finalizar cada contrato, la entidad pagó los honorarios pactados, de modo que se encontraban demostrados dos de los tres elementos de la relación laboral, esto es, la prestación personal del servicio y la remuneración de este, pero no se acreditó la subordinación.

• Sostuvo que las pruebas aportadas no demostraban la existencia del elemento subordinación, pues no se aportó evidencia de llamados de atención, memorandos, comunicaciones que impusieran órdenes, la obligación de cumplir un horario de trabajo, o la asistencia a reuniones institucionales, en otras palabras, no se demostró el cumplimiento de obligaciones que desbordaran las obligaciones contractuales.

• Consideró que el hecho de que el demandante tuviera que ajustar la prestación de sus servicios a un cronograma y a un plan de trabajo definido por la entidad, así como desarrollar sus labores en los lugares determinados por esta, no configuraba el elemento de subordinación, sino que correspondía a actos de coordinación necesarios entre las partes para la correcta ejecución de los objetos contractuales.

• Asimismo, echó de menos pruebas que permitieran verificar que el actor hubiese recibido órdenes directas de algún empleado del SNDA o que hubiese solicitado permisos. Adicionalmente, resaltó que en los contratos aceptaba expresamente que el vínculo no constituiría una relación laboral.

• Reconoció que existió continuidad en la relación contractual, pero advirtió que esto no constituye prueba de una relación laboral, pues dicha práctica puede justificarse en la necesidad de contratar conocimientos especializados o cuando las actividades no pueden ser realizadas por el personal de planta, conforme con el artículo 32 de la Ley 80 de 1993.

• Precisó que los periodos reclamados entre los años 1994 y 2000 no fueron acreditados, motivo por el cual no podían ser tenidos en cuenta para el análisis.

El demandante apeló esa decisión con fundamento en que en el proceso sí se acreditó el elemento subordinación.

Argumentó que durante la ejecución de los contratos se desarrollaron actividades que transformaron la naturaleza del vínculo, porque se prestaron labores propias de la actividad misional del SNDA, los cuales se ejecutaban en las dependencias de la entidad, con sus elementos de trabajo y bajo la sujeción a órdenes y condiciones de desempeño que desbordaban una simple coordinación.

Afirmó que el objeto contractual que ejecutó se enmarcaba directamente en la misión y visión del SNDA, pues realizó acciones de formación profesional titulada y complementaria. Manifestó que los informes mensuales aportados al expediente daban cuenta de que realizaba actividades propias de un instructor de planta.

Indicó que prestó sus servicios de manera personal y permanente, y que la labor no podía ser desarrollada por otra persona sin la autorización previa del SNDA. Además, aseveró que con el diagrama generado por el sistema Sofía Plus se demostró que cumplía un horario impuesto por la entidad, lo que desvirtuaba la autonomía propia de un contratista.

Aunado a lo anterior, con fundamento en la sentencia de unificación del Consejo de Estado del 25 de agosto de 2016, señaló que el pago de las prestaciones sociales debía ser reconocidas a título de restablecimiento del derecho y no como una indemnización. Solicitó que, para el cálculo de dichos emolumentos, se tomaran como base los valores pactados en los contratos de prestación de servicios, argumentó que la remuneración de los instructores de planta varía según el grado del escalafón, el cual depende de una evaluación de factores como la experiencia y la formación.

El 18 de julio de 2024, el Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección B, revocó el fallo de primera instancia y, en su lugar, accedió parcialmente a las pretensiones de la demanda.

Encontró que el señor Isaza Hernández prestó sus servicios de manera personal como instructor de natación y educación física, y que no existía la posibilidad de que otra persona ejecutara dicha labor sin autorización expresa del SNDA. Asimismo, constató que por dichos servicios percibió una remuneración.

Anotó que la prueba documental aportada era suficiente para acreditar el elemento de la subordinación continuada. Para ello, valoró las obligaciones pactadas en los contratos, de las cuales se desprendía que el señor Isaza Hernández debía: (i) entregar informes y reportar sus actividades al coordinador académico; (ii) participar en los comités de evaluación y seguimiento que fueran programados para los alumnos; (iii) registrar datos en el sistema Sofía Plus y; (iv) asistir a reuniones convocadas por la entidad para realizar ajustes en el servicio.

Por lo anterior, concluyó que el actor no ejecutó sus labores de forma autónoma e independiente, sino que estuvo sujeto a las directrices, reglamentos e instrucciones de sus superiores, lo que evidenció el ejercicio del ius variandi por parte del SNDA y desvirtuó la existencia de una simple relación de coordinación.

Resaltó que las labores de formación desempeñadas por el demandante hacían parte de la misión permanente del SNDA, lo que, sumado a la vinculación por más de 24 años, demostraba el ánimo de la entidad de emplear sus servicios de modo continuo y no temporal.

Para determinar si había operado la prescripción, analizó la continuidad del vínculo laboral. Sobre el particular, citó la sentencia de unificación de 25 de agosto de 2016 CE–SUJ2-005-16, la cual estableció que «[q]uien pretenda el reconocimiento de la relación laboral con el Estado y, en consecuencia, el pago de las prestaciones derivadas de esta, en aplicación del principio de la primacía de la realidad sobre las formalidades, deberá reclamarlos dentro del término de tres años contados a partir de la terminación de su vínculo contractual».

Asimismo, aplicó la regla de unificación jurisprudencial prevista en la sentencia de unificación de 9 de septiembre de 2021 SUJ-025-CE-S2-2021 y el auto de aclaración de 11 de noviembre de 2021, según la cual se considera que no existe solución de continuidad, «para efectos de la prescripción de derechos laborales», entre contratos de prestación de servicios sucesivos si el lapso entre la finalización de uno y el inicio del siguiente no supera los 30 días hábiles.

Aclarado lo anterior, afirmó que «en consideración a que en el sub judice se desconoce la fecha en que fue presentada la solicitud del reconocimiento ante la entidad demandada, esta sala encuentra que el acto cuestionado se expidió el 20 de agosto de 2020 y la relación laboral culminó el 17 de noviembre de 2019, lo que en principio permitiría considerar que no se configuró el fenómeno prescriptivo en el periodo en que no existió solución de continuidad, pues cumplió con la exigencia de presentar la reclamación administrativa dentro de los 3 años siguientes a la terminación de la relación contractual.».

No obstante, analizó cada uno de los contratos suscritos y las interrupciones, frente a los cuales concluyó que, si bien varias de estas pausas superaron los 30 días hábiles, se encontraban justificadas por corresponder a los periodos de vacaciones académicas del SNDA (generalmente entre diciembre y enero), por lo que no rompían la continuidad del vínculo, criterio que esa Subsección había aplicado en casos similares para no castigar la inactividad del demandante durante dichos recesos.

Sin embargo, identificó una interrupción no justificada de 779 días hábiles entre la terminación de la orden de servicios n.º 0756 de 1996 y el inicio de la orden n.º 1765 de 1999. De modo que se generó solución de continuidad en la prestación del servicio.

Como consecuencia de dicha ruptura, explicó que el demandante debió haber presentado su reclamación administrativa dentro de los tres años siguientes a la finalización de su vínculo en 1996, pero, al no hacerlo, operó el fenómeno extintivo. Por tanto, declaró la prescripción de los derechos a salarios y prestaciones sociales causados con anterioridad al 21 de noviembre de 1999, «salvo lo relativo a los aportes a pensión por su carácter de imprescriptibles.»

Una vez definidos los periodos no prescritos (del 21 de julio de 1999 al 17 de noviembre de 2019), ordenó el restablecimiento del derecho en los siguientes términos:

• Reconocimiento y pago de las prestaciones sociales por el periodo los periodos no prescritos, indicando que la liquidación debía realizarse tomando como base la asignación salarial de un empleado de planta que desarrollara funciones iguales a las del demandante (instructor), en aplicación del principio de «a trabajo igual, salario igual».
• Dispuso el reconocimiento y pago de la diferencia salarial resultante entre los honorarios percibidos por el actor y la remuneración de un instructor de planta del SNDA.

Condenó al SNDA a calcular el Ingreso Base de Cotización (IBC) pensional por todos los periodos laborados y a efectuar los aportes correspondientes al porcentaje que le correspondía como empleador. Aclaró que el señor Isaza Hernández correspondía la carga de acreditar sus propios aportes y pagar o completar el porcentaje que como trabajador debía pagar.

• Negó las solicitudes de indemnización por despido injusto, con el argumento que la declaratoria de la relación laboral no le otorga al actor la calidad de empleado público. También se negó la devolución de los aportes a salud, por tratarse de recursos parafiscales de recaudo obligatorio que no constituyen un crédito a favor del afiliado.

3.  Argumentos de la acción de tutela

El SNDA alegó que la sentencia proferida por la autoridad judicial demandada incurrió en defecto sustantivo, a causa de la aplicación incorrecta de la prescripción de los derechos laborales reconocidos en favor del señor Isaza Hernández, en desconocimiento del artículo 488 del Código Sustantivo del Trabajo y 151 del Código Procesal del Trabajo y de la Seguridad Social y la jurisprudencia de la Corte Constitucional y la Corte Suprema de Justicia.

Sobre el particular, sostuvo que en la decisión cuestionada se desconoció que el término prescriptivo de tres años debe contabilizarse desde la terminación del último contrato hacia «atrás». Es decir, que se debieron reconocer únicamente los derechos causados durante los últimos tres años de la relación laboral y declarar prescritos todos los que antecedieron a dicho lapso.

En el caso concreto, mencionó que, al haber finalizado el último contrato del señor Isaza Hernández el 17 de noviembre de 2019, la forma correcta de aplicar la prescripción trienal consistía en reconocer los derechos causados en los últimos tres años de servicio, es decir, entre el 17 de noviembre de 2016 y el 17 de noviembre de 2019. En consecuencia, se debió declarar la prescripción de todos los derechos salariales y prestacionales causados con anterioridad al 17 de noviembre de 2016.

Sin embargo, al no hacerlo, y en su lugar declarar prescritos únicamente los derechos anteriores al 21 de noviembre de 1999, la sentencia atacada extendió indebidamente la condena por un periodo cercano a los veinte años, lo que, en criterio del SNDA, configura una aplicación de la norma que se aparta del ordenamiento jurídico.

4.    Trámite previo

El 30 de abril de 2025, el Consejo de Estado, Sección Quinta admitió la acción de tutela y ordenó notificar al accionante y a la autoridad judicial demandada. Además, vinculó como terceros con interés al Tribunal Administrativo de Antioquia, a la Nación – Ministerio Público – Procurador 126 judicial II administrativo, a Sura EPS, a Positiva S.A., a Colpensiones, a Porvenir S.A., a Protección S.A., a la Secretaría de Educación del departamento de Antioquia y al señor Jorge Mario Isaza Hernández.

5.    Oposiciones

La Sección Segunda, Subsección B del Consejo de Estado solicitó declarar la improcedencia de la acción de tutela o, en su defecto, negar las pretensiones de amparo solicitadas por el accionante.

Afirmó que el análisis de la prescripción se fundamentó en las sentencias de unificación proferidas por la Sección Segunda del Consejo de Estado el 25 de agosto de 2016¹ y el 9 de septiembre de 2021², en las que se aplicó la subregla atinente a los treinta 30 días hábiles como un «indicador temporal» para analizar la no solución de continuidad.

Resaltó que «(…) el análisis expuesto en la sentencia, contrario a lo señalado por el SNDA sí se efectuó partiendo del último contrato hacia atrás». Explicó que, al realizar este cómputo retrospectivo, se encontró que las interrupciones superiores a 30 días ocurridas a partir del año 2015, así como en otros periodos, estaban justificadas por corresponder a las vacaciones del calendario académico de los aprendices y de los instructores de planta.

Aclaró que la decisión de declarar la prescripción de los derechos causados antes del 21 de noviembre de 1999 no fue arbitraria, sino que obedeció a la existencia de una única interrupción no justificada de 779 días hábiles entre los años 1996 y 1999. De modo que es esa ruptura del vínculo, y no las pausas vacacionales, la que, en aplicación de la jurisprudencia, le exigía al demandante reclamar sus derechos dentro del término de tres años, so pena de que operara la prescripción.

Finalmente, concluyó que no se advertía la vulneración de algún derecho fundamental, y que la solicitud de amparo del SNDA estaba encaminada a proponer nuevamente un debate que ya fue resuelto el escenario procesal correspondiente, pretendiendo convertir la tutela en una tercera instancia, lo que la torna improcedente.

6.    Intervenciones de los terceros con interés

El señor Jorge Mario Isaza Hernández solicitó que se nieguen las pretensiones de la acción de tutela.

Resaltó que, en virtud del principio de primacía de la realidad sobre las formas, el Consejo de Estado reconoció correctamente la existencia de una relación laboral, porque prestó sus servicios al SNDA por más de dos décadas de forma permanente, continua y subordinada.

Sostuvo que, de conformidad con la Sentencia de Unificación SUJ-2005-16 del 25 de agosto de 2016, la prescripción en casos de relaciones laborales encubiertas no puede aplicarse de manera mecánica. Al respecto, anotó que cuando existe una vocación de permanencia, las interrupciones entre contratos deben ser analizadas en su contexto, sin que operen de forma automática para extinguir los derechos del trabajador.

Alegó que, según las subreglas previstas en la sentencia de unificación de 9 de septiembre de 2021 SUJ-025CE-S2-2021, no hay solución de continuidad si entre contratos sucesivos no transcurren más de 30 días hábiles, y que las interrupciones superiores a dicho término en su caso fueron justificadas por corresponder a los periodos del calendario académico, por lo que no eran válidas para contabilizar la prescripción.

Concluyó que pretender la aplicación mecánica de la prescripción sobre derechos derivados de una relación laboral disfrazada implicaría avalar una evasión de obligaciones por parte del empleador, en contravía de los principios constitucionales que rigen las relaciones de trabajo.

La Administradora Colombiana de Pensiones – Colpensiones, la Administradora de Fondos de Pensiones y Cesantías Protección S.A., Positiva Compañía de Seguros S.A. y la EPS SURAMERICANA solicitaron ser desvinculadas del trámite constitucional, al considerar que carecen de legitimación en la causa por pasiva, porque no participaron en la decisión adoptada por la autoridad judicial accionada.

7.    Sentencia de primera instancia

La Sección Quinta del Consejo de Estado, en sentencia de cinco 5 de junio de 2025, declaró improcedente el amparo solicitado, al considerar que la demanda no superaba el requisito general de relevancia constitucional.

En primer lugar, negó las solicitudes de desvinculación presentadas por Positiva Compañía de Seguros S.A., Protección S.A., Porvenir S.A., E.P.S. Suramericana de Seguros S.A. y Colpensiones, para lo cual aclaró que su vinculación al proceso se realizó en calidad de terceros con interés.

En segundo lugar, concluyó que la controversia planteada por el SNDA carecía de la entidad suficiente para activar la competencia del juez constitucional, porque la entidad accionante no cumplió con la carga mínima de justificar la relevancia constitucional de su reclamo.

Afirmó que, si bien alegó vulneración al debido proceso, sus argumentos se limitaron a exponer una simple inconformidad con el método de cálculo de la prescripción, sin encuadrar dicho reproche en alguno de los defectos especiales de procedencia de la tutela contra providencia judicial.

Advirtió que, aunque la accionante citó varias sentencias de la Corte Constitucional, lo hizo de manera meramente textual, sin exponer una regla o subregla de derecho aplicable a su caso que hubiese sido desconocida por la autoridad judicial demandada. Además, que no se identificó la ratio decidendi de un precedente específico que, por analogía, debiera haber sido aplicado.

Por lo anterior, consideró que el propósito de la entidad accionante era reabrir una controversia ya zanjada por el juez natural de la causa, de manera que utiliza el amparo como una instancia adicional para debatir cuestiones de índole puramente legal y patrimonial.

Finalmente, resaltó que el examen de procedencia de la tutela es más riguroso cuando se dirige contra providencias de órganos de cierre, como el Consejo de Estado.

8.    Impugnación

El SNDA afirmó que el escrito de tutela fue claro al indicar que la providencia judicial aplicó la prescripción de manera contraria a la ley y la jurisprudencia, lo cual, en su criterio, constituye vulneración directa del debido proceso, por incurrir en «indebida aplicación de la figura procesal de la prescripción en materia laboral».

Subrayó que la controversia no es un «simple desacuerdo», sino que tiene una relevancia significativa, pues la aplicación incorrecta de la prescripción tiene como consecuencia que la entidad deba pagar cerca de veinte años de prestaciones, mientras que una aplicación «correcta» limitaría la condena a los últimos tres años.

Indicó que la acción de tutela no buscaba reabrir el debate probatorio ni actuar como una tercera instancia, sino garantizar que la condena impuesta se ajuste a la ley.

Finalmente, insistió que la sentencia de segunda instancia, al revocar el fallo inicial y estudiar la excepción de prescripción propuesta desde la contestación de la demanda, debió hacerlo de manera congruente. En otras palabras, si la autoridad judicial demandada consideraba que existió un solo contrato realidad, debía aplicar la prescripción «partiendo del último contrato hacia el primero, debiendo necesariamente concluir que todos los contratos desde el 15 de diciembre de 2016 hacía atrás, estaban afectados por el fenómeno de la prescripción».

1. CONSIDERACIONES DE LA SALA

La acción de tutela está consagrada en el artículo 86 de la Constitución Política, reglamentado por el Decreto 2591 de 1991, que en el artículo 1 establece: «Toda persona tendrá acción de tutela para reclamar ante los jueces, en todo momento y lugar, mediante un procedimiento preferente y sumario, por sí misma o por quien actúe en su nombre, la protección inmediata de sus derechos constitucionales fundamentales, cuando quiera que estos resulten vulnerados o amenazados por la acción o la omisión de cualquier autoridad pública o de los particulares en los casos que señala este decreto».

Esta acción procede cuando el afectado no disponga de otro medio de defensa judicial, salvo que se utilice como mecanismo transitorio para evitar un perjuicio irremediable.

Problema jurídico y solución

De conformidad con lo alegado en la impugnación por el SNDA, corresponde a la Sala determinar si la sentencia de primera instancia, que declaró improcedente la acción de tutela por falta de relevancia constitucional, debió analizar el fondo del asunto. De ser afirmativa la respuesta, se analizará si, en efecto, la providencia cuestionada incurrió en un defecto sustantivo.

La Sala anticipa que revocará la decisión de primera instancia, al considerar que el asunto sí revestía de relevancia constitucional y ameritaba un estudio de fondo. No obstante, en su lugar, se negará el amparo solicitado, porque no incurrió en el defecto sustantivo alegado, pues su decisión sobre la prescripción se profirió con observancia de la norma y la jurisprudencia aplicable al caso.

Para resolver este asunto, la Sala abordará los siguientes temas: (i) el cumplimiento de los requisitos generales de procedencia de la acción de tutela; (ii) del defecto sustantivo en el caso concreto.

(i)  Del cumplimiento de los requisitos generales de procedencia de la acción de tutela en el presente caso

La Sala anota que la acción de tutela cumple con el requisito general de relevancia constitucional porque la parte actora invoca la protección de los derechos

fundamentales al debido proceso y de acceso a la administración de justicia; se sustentan con suficiencia las razones por las que la decisión judicial cuestionada afecta dichos derechos; no se trata de un asunto de mera legalidad o económico y los cuestionamientos tienen que ver con la ratio decidendi.

Sobre el particular, se encuentra que la entidad accionante advierte que se configuró defecto sustantivo por la indebida aplicación de la figura de la prescripción en el marco de una relación laboral encubierta, lo que compromete directamente el derecho fundamental al debido proceso y plantea un problema jurídico con dimensión constitucional, que amerita ser examinado por parte del juez de tutela.

Tampoco se advierte que la acción de tutela se utilice como una instancia adicional, porque, en el proceso de nulidad y restablecimiento del derecho, la sentencia de primera instancia proferida por el Tribunal Administrativo de Antioquia negó las pretensiones de la demanda, la cual resultó favorable a los intereses del SNDA y fue solo en virtud del recurso de apelación que la Sección Segunda, Subsección B, del Consejo de Estado revocó dicha decisión y accedió a las súplicas del demandante.

Se cumple con el (ii) Requisito general de subsidiariedad, porque los argumentos invocados no se enmarcan en las causales del recurso extraordinario de revisión o de algún otro medio de defensa idóneo para la defensa de los derechos que invoca vulnerados. En igual sentido, el (iii) Requisito general de inmediatez se satisface, pues, el ejercicio de la presente acción de tutela resulta oportuno, toda vez que la sentencia cuestionada fue proferida el 18 de julio de 2025, notificada el 29 de noviembre de 2024, y el ejercicio de acción de tutela tuvo lugar el 28 de abril de 2025.

En lo demás, la Sala encuentra que están satisfechos los requisitos generales de procedencia, si se tiene en cuenta que la accionante alega una (iv) irregularidad que genera un efecto determinante y afecta los derechos fundamentales de la parte actora;

(v) la parte actora identificó de manera razonable los hechos que generaron la vulneración y, (vi) se cumplen los requisitos de procedencia de acción de tutela.

Por lo que la Sala pasa a analizar si se configura el defecto alegado.

Del defecto sustantivo³ en el caso concreto

En síntesis, la entidad accionante consideró que se configuró un defecto sustantivo porque la autoridad judicial demandada aplicó de manera indebida los artículos 488 del Código Sustantivo del Trabajo y 151 del Código Procesal del Trabajo y de la Seguridad Social, y la jurisprudencia relativa a la prescripción de los derechos laborales en el término de 3 años contados a partir de la finalización de la relación laboral.

Por ello, sostuvo que el juez de segunda instancia debía realizar el cómputo del término prescriptivo desde la finalización del último vínculo y contabilizar 3 años hacia atrás a partir de esa fecha, para determinar los emolumentos afectados con la prescripción.

Para resolver el presente asunto, la Sala advierte que la controversia tiene su origen en el proceso de nulidad y restablecimiento del derecho promovido por el señor Jorge Mario Isaza Hernández, en el que solicitó la nulidad del oficio de 20 de agosto de 2020, mediante el cual la entidad le negó el reconocimiento de una relación laboral y el pago de las prestaciones sociales correspondientes.

Como fundamento de sus pretensiones, el señor Isaza Hernández sostuvo que, a pesar de haber sido vinculado por medio de sucesivos contratos de prestación de servicios, entre el 15 de diciembre de 1994 y el 15 de diciembre de 2019, para desempeñar funciones de instructor, en la práctica se configuraron los elementos de un verdadero contrato de trabajo.

El Tribunal Administrativo de Antioquia, en la sentencia de primera instancia del 28 de octubre de 2021, negó las pretensiones de la demanda de nulidad y restablecimiento del derecho, al considerar que no se había demostrado el elemento de la subordinación.

Dicha decisión fue apelada por el señor Jorge Mario Isaza Hernández.

El 18 de julio de 2024, la Sección Segunda, Subsección B, del Consejo de Estado profirió la sentencia de segunda instancia, en la que revocó la decisión inicial y, en su lugar, declaró la existencia de la relación laboral, luego de establecer que en el caso se configuraron los tres elementos de la relación laboral.

Por ello, procedió a analizar la excepción de prescripción, con fundamento en las sentencias de unificación de la Sección Segunda SUJ2-005-16 del 25 de agosto de 2016 y la SUJ-025-CE-S2-2021 del 9 de septiembre de 2021.

En primer lugar, la autoridad judicial demandada citó la sentencia de unificación SUJ2- 005-16 de 2016 para argumentar que el término de prescripción para reclamar derechos derivados de un contrato realidad es de 3 años, contados a partir de la finalización del vínculo contractual. Además, sostuvo que, si la reclamación se presenta fuera de dicho plazo, se extingue el derecho a solicitar las prestaciones correspondientes.

Asimismo, explicó que de existir contratos de prestación de servicios sucesivos que presentan interrupciones entre sí, el término de prescripción de 3 años no se cuenta desde el último contrato, sino que debe analizarse de forma individual para cada vínculo, partiendo de su respectiva fecha de finalización. Por consiguiente, destacó que se le asigna al juez la labor de verificar si existieron dichas interrupciones, las cuales serían excluidas de un eventual reconocimiento.

Se cita lo pertinente:

«25. Ahora, sobre la prescripción del derecho reclamado en el marco de una relación laboral encubierta, la Sección Segunda del Consejo de Estado, en la referida sentencia de unificación del 25 de agosto de 2016, señaló:

«Por lo tanto, si quien pretende el reconocimiento de la relación laboral con el Estado, se excede de los tres años, contados a partir de la terminación de su vínculo contractual, para reclamar los derechos en aplicación del principio de la “…primacía de la realidad sobre las formalidades establecidas por los sujetos de las relaciones laborales” (artículo 53 constitucional), se extingue el derecho a solicitar las prestaciones que se deriven de aquella, pues dicha situación se traduciría en su desinterés, que no puede soportar el Estado, en su condición de empleador.

Pero en aquellos contratos de prestación de servicios, pactados por un interregno determinado y que la ejecución entre uno y otro tiene un lapso de interrupción, frente a cada uno de ellos habrá de analizarse la prescripción a partir de sus fechas de finalización, puesto que uno de los fundamentos de la existencia del contrato realidad es precisamente la vocación de permanencia en el servicio. Por consiguiente, le corresponderá al juez verificar si existió o no la citada interrupción contractual, que será excluida de reconocimiento y examinada en detalle en cada caso particular, en aras de proteger los derechos de los trabajadores, que han sido burlados por las autoridades administrativas al encubrir una relación laboral bajo contratos de prestación de servicios». (Se destaca)

En segundo lugar, con fundamento en la sentencia SUJ-025-CE-S2-2021 del 9 de septiembre de 2021, trajo a colación la regla según la cual un periodo de 30 días hábiles entre contratos sucesivos es un indicador de la no solución de continuidad, pero aclaró que dicho término no es una «camisa de fuerza» y que el juez debe analizar las particularidades de cada caso para determinar si existió o no una ruptura real del vínculo.

En aplicación de dichos precedentes, la autoridad judicial concluyó que no se configuró la prescripción porque la relación encubierta finalizó el 17 de noviembre de 2019 y, si bien no se tenía certeza de la fecha en que se radicó la reclamación, el acto administrativo que negó el reconocimiento de la relación laboral fue proferido el 20 de agosto de 2020, esto es, dentro de los tres años siguientes a la terminación de relación contractual, así:

«80. Así las cosas, a juicio de la Sala, «[q]uien pretenda el reconocimiento de la relación laboral con el Estado y, en consecuencia, el pago de las prestaciones derivadas de esta, en aplicación del principio de la primacía de la realidad sobre las formalidades, deberá reclamarlos dentro del término de tres años contados a partir de la terminación de su vínculo contractual».

• En atención a lo expuesto y en consideración a que en el sub judice se desconoce la fecha en que fue presentada la solicitud del reconocimiento ante la entidad demandada, esta sala encuentra que el acto cuestionado se expidió el 20 de agosto de 2020 y la relación laboral culminó el 17 de noviembre de 2019, lo que en principio permitiría considerar que no se configuró el fenómeno prescriptivo en el periodo en que no existió solución de continuidad, pues cumplió con la exigencia de presentar la reclamación administrativa dentro de los 3 años siguientes a la terminación de la relación contractual.»

Con fundamento en todo lo anterior, realizó un estudio detallado de las interrupciones contractuales y concluyó que, si bien varias de ellas superaron los 30 días hábiles, se encontraban justificadas por corresponder a los periodos de vacaciones académicas del SNDA. No obstante, identificó una interrupción de 779 días, que no pudo ser justificada y que, por su duración, rompió la continuidad del vínculo laboral.Se cita lo pertinente de la sentencia cuestionada:

«81. En atención a lo expuesto y en consideración a que en el sub judice se desconoce la fecha en que fue presentada la solicitud del reconocimiento ante la entidad demandada, esta sala encuentra que el acto cuestionado se expidió el 20 de agosto de 2020 y la relación laboral culminó el 17 de noviembre de 2019, lo que en principio permitiría considerar que no se configuró el fenómeno prescriptivo en el periodo en que no existió solución de continuidad, pues cumplió con la exigencia de presentar la reclamación administrativa dentro de los 3 años siguientes a la terminación de la relación contractual.

• Sin embargo, es necesario establecer en qué momento hubo una interrupción tal que haya generado un rompimiento de la relación e implicara la obligación de reclamar en sede administrativa dentro de los 3 años siguientes a efectos de evitar que operara el fenómeno de la prescripción extintiva del derecho. Así pues, se hace necesario realizar el siguiente recuento:

(…)

• En efecto, si bien hubo interrupciones superiores a 30 días [entre las órdenes 1765 de 1999 y 0205 de 2000; y los contratos 0150 y 1305 de 2002, y a partir del contrato 001362 de 2015] estas se encuentran justificadas en el periodo de vacaciones según el calendario académico, pues se dieron entre diciembre y enero. En igual sentido se ha determinado en anteriores oportunidades por esta subsección […] en los que se ha considerado que no puede reprocharse la ausencia de reclamación por parte del interesado, cuando la interrupción ocurre en época de vacaciones de los aprendices y de los instructores de planta.
  • Sin embargo, la interrupción que se dio entre las órdenes 0756 de 1996 y 1765 de 1999 [de 779 días hábiles] no se encuentra justificada y generó solución de continuidad en la prestación del servicio, lo que le exigía presentar la reclamación administrativa dentro de los 3 años siguientes a la terminación de la relación contractual, es decir que debió reclamar antes del 21 de noviembre de 2002. Por lo tanto, se declarará la prescripción de los salarios y prestaciones dejados de percibir antes del 21 de noviembre de 1999, salvo lo relativo a los aportes a pensión por su carácter de imprescriptibles». (Se destaca)

Ahora bien, esta Sala advierte que las disposiciones citadas por el SNDA para sustentar el presunto defecto sustantivo, esto es, los artículos 488 del Código Sustantivo del Trabajo y 151 del Código Procesal del Trabajo y de la Seguridad Social, no son aplicables al presente asunto.

Lo anterior, por cuanto, al tratarse de una controversia sobre la existencia de una relación laboral de un servidor público, la norma que rige la prescripción es la contenida en el artículo 41 del Decreto 3135 de 1968 y su reglamentario, artículo 102 del Decreto 1848 de 1969.

En efecto, las normas citadas establecen término de prescripción de 3 años para las acciones que emanan de los derechos consagrados en favor de los empleados públicos, el cual se contabiliza a partir del momento en que la respectiva obligación se haya hecho exigible.

Asimismo, es necesario expresar que la sentencia de unificación SUJ2-005-16 del 25 de agosto de 2016, que fue el sustento jurisprudencial de la sentencia cuestionada, zanjó la discusión que existía sobre desde cuándo se debe contabilizar el término de prescripción en las controversias de contrato realidad. Dicha providencia unificó el criterio para establecer que la exigibilidad del derecho, y con ello el inicio del cómputo de la prescripción, se da a partir de la terminación del vínculo contractual. Lo anterior, al considerar que es a partir de ese momento que el interesado puede demostrar la configuración de los elementos de la relación laboral y, en consecuencia, reclamar las prestaciones correspondientes.

Al respecto, la sentencia de unificación señaló:

«Para efectos de dar aplicación a la prescripción trienal de que tratan los artículos 41 del Decreto 3135 de 1968 y 102 del Decreto 1848 de 1969, según los cuales el término prescriptivo ha de contabilizarse a partir del momento en que el derecho se hace exigible, resulta pertinente estudiar en las controversias conocidas bajo el rótulo de contrato realidad desde cuándo ha de entenderse que el derecho es exigible.

(…)

En lo concerniente al término prescriptivo, advierte la Sala que no cabe duda acerca de su fundamento normativo, es decir, los artículos 41 del Decreto 3135 de 1968 y 102 del Decreto 1848 de 1969, que regulan el régimen prestacional de los empleados públicos, según los cuales aquel lapso es de tres (3) años, que se interrumpe por una sola vez con el reclamo escrito del trabajador, en razón a que lo que se reclama en este tipo de asuntos (contrato realidad) es el reconocimiento de las prestaciones a que se tendría derecho si la Administración no hubiese utilizado la figura del contrato de prestación de servicios para esconder en la práctica una verdadera relación laboral.

Respecto de la oportunidad a partir de la cual debe contabilizarse el aludido interregno, es del caso interpretar los artículos 41 del Decreto 3135 de 1968 y 102 del Decreto 1848 de 1969, en armonía con el mandato contenido en el artículo 12 (numeral 2) del convenio 95 de la OIT, de acuerdo con el cual los ajustes finales de los salarios debidos tienen lugar desde la terminación del nexo contractual con el empleador, por cuanto es desde ese momento en que se podrá demostrar que durante la ejecución del contrato de prestación de servicios se dieron los elementos constitutivos de una relación laboral con el Estado (prestación personal del servicio, remuneración y subordinación) y, en consecuencia, reclamar el pago de las prestaciones a las que tendría derecho de comprobarse ese vínculo, todo lo anterior en virtud de los principios de favorabilidad, irrenunciabilidad a los beneficios mínimos establecidos en normas laborales y progresividad y prohibición de regresividad en materia de derechos sociales, así como los derechos constitucionales al trabajo en condiciones dignas e irrenunciabilidad a la seguridad social.»

Por lo tanto, si quien pretende el reconocimiento de la relación laboral con el Estado, se excede de los tres años, contados a partir de la terminación de su vínculo contractual, para reclamar los derechos en aplicación del principio de la “[…] primacía de la realidad sobre las formalidades establecidas por los sujetos de las relaciones laborales” (artículo 53 constitucional), se extingue el derecho a solicitar las prestaciones que se deriven de aquella, pues dicha situación se traduciría en su desinterés, que no puede soportar el Estado, en su condición de empleador.».

Por lo anterior, la Sala concluye que la autoridad judicial accionada aplicó las disposiciones del Decreto 3135 de 1968 y el Decreto reglamentario 1848 de 1969, que regulan la prescripción de los derechos prestacionales de los empleados públicos, y acogió la regla jurisprudencial fijada en la sentencia de unificación SUJ2-005-16 de 2016, según la cual, el término prescriptivo de tres años debe contarse desde la terminación del vínculo contractual.

Con base en ese marco estableció que, al haber culminado la relación laboral encubierta el 17 de noviembre de 2019 y haberse proferido el acto administrativo que negó el reconocimiento del derecho el 20 de agosto de 2020, no se configuraba el fenómeno de la prescripción extintiva respecto del período comprendido entre vínculos sin solución de continuidad.

Por ello, se encuentra que el análisis realizado por la autoridad judicial accionada no fue arbitrario ni se apartó del ordenamiento jurídico.

Así las cosas, la Sala concluye que no se configuró el defecto sustantivo alegado, pues la interpretación de la autoridad judicial accionada fue razonable, se ajustó a los parámetros legales y se fundamentó de manera explícita en la jurisprudencia de unificación de la Corporación.

Sumado a lo anterior, tal como lo ha reiterado esta Sala de Decisión, en los casos en que la tutela se dirige contra una sentencia proferida por una Alta Corporación, la Corte Constitucional⁴ ha establecido un requisito adicional de procedencia, en el sentido que se constate la configuración de una anomalía de tal entidad que exija la imperiosa intervención del juez constitucional.

Por lo anterior, se impone, revocar la decisión de primera instancia, que declaró improcedente la acción de tutela por falta de cumplimiento del requisito general de relevancia y, en su lugar, negar las pretensiones de la acción de tutela que ejerció el SNDA contra el Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección B.

En mérito de lo expuesto, el Consejo de Estado, por medio de la Sección Cuarta – Sala de lo Contencioso Administrativo, administrando justicia en nombre de la República y por autoridad de la ley,

FALLA

1. Revocar la decisión de primera instancia proferida por el Consejo de Estado, Sección Quinta y, en su lugar,
2. Negar las pretensiones de la acción de tutela que ejerció el SNDA contra el Consejo de Estado, Sección Segunda, Subsección B.
3. Enviar a la Corte Constitucional para su eventual revisión.
4. Notificar a las partes por el medio más expedito posible.
5. Publicar la presente providencia en la página web del Consejo de Estado.

La anterior providencia fue considerada y aprobada en la sesión de la fecha. Notifíquese y cúmplase.

Notas:

¹ Radicado 23001-23-33-000-2013-00260-01, CE-SUJ2-005-16.

² Radicado 05001-23-33-000-2013-01143-01, SUJ-025-CE-S2-2021.

³ Como lo ha reiterado esta Sala, en los términos de la sentencia T – 1009 de 2000 de la Corte Constitucional, se presenta el denominado defecto sustantivo cuando la decisión judicial es proferida con fundamento en una norma claramente inaplicable al caso concreto, ya sea porque perdió vigencia, porque su aplicación resulta del todo inconstitucional o, porque su contenido no guarda relación de conexidad material con los presupuestos de hecho a los cuales se ha aplicado. Sin embargo, para que se predique tal defecto es preciso tener en cuenta que la acción de tutela no puede interponerse para controvertir la razonable interpretación de una norma legal o reglamentaria, en razón de que los jueces son autónomos para escoger entre diversas interpretaciones de una disposición legal, la que consideren más acorde con el ordenamiento jurídico (art. 230 de la Constitución Política).

Para la Corte Constitucional, una providencia judicial adolece de un defecto sustantivo cuando: (i) la norma aplicable al caso es claramente inadvertida o no tenida en cuenta por el fallador, (ii) a pesar del amplio margen interpretativo que la Constitución le reconoce a las autoridades judiciales, la aplicación final de la regla es inaceptable por tratarse de una interpretación contraevidente (interpretación contra legem) o claramente perjudicial para los intereses legítimos de una de las partes (irrazonable o desproporcionada), y, finalmente, (iii) cuando el fallador desconoce las sentencias con efectos erga omnes tanto de la jurisdicción constitucional como de la jurisdicción de lo contencioso administrativo, cuyos precedentes se ubican en el mismo rango de la norma sobre la que pesa la cosa juzgada respectiva (Sentencia T – 462 de 2003, Corte Constitucional).

⁴ Sentencias, SU-917 de 2010 M.P. Jorge Iván Palacio Palacio, SU-050 de 2017, M.P. Luis Ernesto Vargas Silva y SU 573 de 2017, M.P. Antonio José Lizarazo Ocampo.

La validez e integridad pueden comprobarse acudiendo a la siguiente dirección electrónica: https://samai.consejodeestado.gov.co/Vistas/documentos/evalidador

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