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¿Quién debe tramitar la transcripción de una incapacidad ante la EPS? Concepto Minsalud 2026423001829042 de 2026

Transcripcion Incapacidad Empleador Eps Minsalud 2026

26 de septiembre de 2026

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RESUMEN: ¿Quién debe tramitar la transcripción de una incapacidad ante la EPS? Cuando un trabajador recibe una incapacidad expedida por un médico que no pertenece a la red de su EPS, puede surgir la duda sobre quién debe gestionar su validación. El Ministerio de Salud precisó que el trámite de reconocimiento, incluida la transcripción cuando corresponda, debe ser adelantado directamente por el empleador, mientras que el trabajador debe informar oportunamente sobre la incapacidad.

La expedición de una incapacidad por un profesional que no pertenece a la red de la EPS puede generar dudas sobre el procedimiento que debe seguirse para que sea validada y reconocida. Una de las preguntas planteadas al Ministerio de Salud fue precisamente si esta gestión corresponde al trabajador o al empleador.

La respuesta establece una distinción concreta: el empleador debe adelantar directamente ante la EPS el trámite para el reconocimiento de la incapacidad, incluida la solicitud de transcripción cuando sea necesaria. El trabajador, por su parte, tiene la obligación de informar oportunamente al empleador sobre la existencia de la incapacidad.

La precisión es relevante porque evita trasladar al afiliado una gestión que, de acuerdo con el concepto, corresponde al empleador dentro del trámite de reconocimiento de la prestación económica.

El empleador debe tramitar directamente ante la EPS el reconocimiento de la incapacidad y, cuando corresponda, su transcripción. El trabajador no debe asumir este trámite: su obligación es informar oportunamente al empleador sobre la existencia de la incapacidad.

¿Qué significa la transcripción de una incapacidad?

La transcripción se relaciona con la validación de una incapacidad expedida por un médico u odontólogo que no se encuentra adscrito a la red prestadora de servicios de salud de la EPS o Entidad Adaptada del afiliado.

El concepto explica que estas incapacidades deben ser validadas por la entidad a la cual se encuentra afiliado el cotizante, siempre que se cumplan las condiciones establecidas. Entre ellas se encuentra que el profesional esté inscrito en el Registro Especial en Talento Humano de Salud —ReTHUS— o que corresponda a un profesional que preste el servicio social obligatorio en los términos señalados.

Para solicitar la validación, la incapacidad debe presentarse ante la EPS o Entidad Adaptada dentro de los 15 días siguientes a su expedición. Si se trata de una hospitalización, debe acompañarse la epicrisis; cuando corresponde a consulta externa o atención ambulatoria, debe allegarse el resumen de la atención.

¿Quién debe hacer el trámite ante la EPS?

El empleador es quien debe adelantar directamente ante la EPS el trámite de reconocimiento de la incapacidad por enfermedad general.

El Ministerio de Salud fundamenta esta conclusión en el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012, según el cual el trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general y de las licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud debe ser realizado directamente por el empleador ante las EPS.

La misma disposición establece que el trámite no puede ser trasladado al afiliado. Por ello, cuando la transcripción sea necesaria dentro del proceso de reconocimiento, también corresponde al empleador adelantar esta gestión.

¿Qué obligación tiene el trabajador frente a la incapacidad?

El trabajador sí tiene una obligación dentro del procedimiento, pero es diferente de realizar la transcripción.

Para efectos laborales, debe informar al empleador sobre la expedición de la incapacidad o licencia. El concepto precisa que esta es la responsabilidad que corresponde al afiliado dentro del trámite.

Por tanto, la distribución de responsabilidades señalada en el concepto puede resumirse así:

  • Trabajador: informar oportunamente al empleador sobre la existencia de la incapacidad.
  • Empleador: adelantar ante la EPS el trámite para el reconocimiento de la incapacidad.
  • EPS o Entidad Adaptada: validar la incapacidad cuando haya sido expedida por un profesional no adscrito a su red y reconocer la prestación económica cuando se cumplan las condiciones correspondientes.

¿Qué requisitos debe cumplir una incapacidad de origen común para ser reconocida?

El concepto recuerda que el reconocimiento y pago de una incapacidad de origen común requiere acreditar determinadas condiciones.

El afiliado debe estar vinculado al Sistema General de Seguridad Social en Salud en calidad de cotizante, incluidos los pensionados que tengan ingresos adicionales. También debe haber cotizado efectivamente al sistema durante, como mínimo, las cuatro semanas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad, equivalentes a 28 días.

Además, debe existir un certificado de incapacidad de origen común expedido por el médico de la red de la EPS o Entidad Adaptada, o que haya sido validado por esta.

¿Qué ocurre si la incapacidad fue expedida por un médico que no pertenece a la red de la EPS?

Cuando la incapacidad fue expedida por un profesional que no está adscrito a la red de la EPS o Entidad Adaptada, la entidad debe realizar el proceso de validación previsto en la regulación citada en el concepto.

Si existen dudas sobre la incapacidad, la EPS puede someter al afiliado a una evaluación médica por un profesional par, quien podrá aceptarla o desvirtuarla, sin perjuicio de la atención en salud que corresponda.

El concepto también precisa un término relevante: si transcurren ocho días hábiles desde la presentación de la incapacidad sin que la EPS o Entidad Adaptada la haya validado o haya sometido al cotizante a evaluación médica, estará obligada a reconocer y liquidar la incapacidad dentro de los 15 días hábiles siguientes y a pagarla dentro de los cinco días siguientes, siempre que el afiliado cumpla las condiciones exigidas para el reconocimiento.

¿El empleador tiene un plazo para solicitar el reembolso de la incapacidad?

El concepto también aborda el término con el que cuenta el empleador para solicitar a la EPS el reembolso de las prestaciones económicas.

De acuerdo con la Ley 1438 de 2011, citada en el documento, el derecho de los empleadores a solicitar a las Entidades Promotoras de Salud el reembolso del valor de las prestaciones económicas prescribe en tres años, contados desde la fecha en que el empleador realizó el pago correspondiente al trabajador.

¿Qué aclaró finalmente el Ministerio de Salud sobre la transcripción?

La respuesta central del concepto es que la responsabilidad de adelantar el trámite no puede trasladarse al trabajador.

Cuando la transcripción sea necesaria, esta forma parte del trámite de reconocimiento de la incapacidad y debe ser gestionada directamente por el empleador ante la EPS o Entidad Adaptada. La obligación exigible al trabajador es informar oportunamente al empleador sobre la existencia de la incapacidad.

El Ministerio hace, sin embargo, una precisión adicional: aunque la norma identifica al empleador como responsable de adelantar la gestión, el artículo citado no establece los mecanismos concretos mediante los cuales las EPS deben recibir, validar o gestionar estas solicitudes. Tampoco determina los canales específicos que deben utilizar para desarrollar el procedimiento.

Para trabajadores y empleadores, la principal precisión del concepto está en la distribución de responsabilidades. El trabajador debe informar oportunamente que existe una incapacidad, pero la gestión para su reconocimiento ante la EPS corresponde al empleador. Cuando se trate de una incapacidad expedida por un profesional ajeno a la red de la entidad, la transcripción forma parte de ese proceso de validación cuando resulte aplicable.

El concepto también deja claro que la responsabilidad del empleador no significa que la norma determine un canal específico para realizar el trámite ante cada EPS. La obligación sobre quién debe gestionarlo y la forma operativa en que cada entidad recibe las solicitudes son asuntos que el documento distingue expresamente.

Ver a continuación Concepto Ministerio de Salud y Protección Social sobre: ¿Quién debe tramitar la transcripción de una incapacidad ante la EPS?

Ministerio de Salud y Protección Social

ASUNTO:

Concepto sobre el transcripción y pago de Incapacidades Radicado 2026423001829042 ID 1952606

Bogotá D.C.,

Respetada señora:

Procedente de la Superintendencia Nacional de Salud – SNS, hemos recibido su comunicación, en la cual se formulan una serie de interrogantes relacionados con la transcripción de incapacidades. Al respecto, me permito señalar lo siguiente:

ANTECEDENTES

La consulta que se resuelve a través del presente concepto, se plantea de la siguiente manera:

“(…)

En atención a lo anterior, y considerando la responsabilidad que se atribuye al empleador para adelantar dicho trámite, informamos que en la práctica las entidades prestadoras de salud nos han manifestado que la transcripción de incapacidades debe ser gestionada directamente por el trabajador, argumentando que la información contenida en la epicrisis y los datos personales requiere autorización del titular para su tratamiento. Estas respuestas han sido remitidas por las EPS a través de correos electrónicos, indicando además que sus portales o canales de atención no cuentan con la opción para que el empleador realice directamente el trámite de transcripción de incapacidades.

(…)”

·         De la transcripción y reconocimiento de incapacidades

El Decreto 780 de 20161 establece los parámetros sobre generalidades de las prestaciones económicas y determinó en el artículo 2.2.3.1.4 la competencia y responsabilidad en la expedición de certificados de incapacidad, de la siguiente forma:

“Artículo 2.2.3.1.4 Competencia y responsabilidad en la expedición de certificados. Son competentes para expedir los certificados médicos u odontológicos de incapacidad y de las licencias de que trata este Título, los médicos u odontólogos tratantes inscritos en el Re THUS y los profesionales que estén prestando su servicio social obligatorio, los que deben encontrarse adscritos a un prestador

de servicios de salud habilitado.

Los eventos que originan la expedición del certificado en cuanto se derivan del acto médico u odontológico, según se trate, están sujetos a las normas de la ética médica u odontológica y a las responsabilidades que se originan en el deber de consignar los hechos reales en la historia clínica, en los términos de las Leyes 23 de 1981, 35 de 1989 y el artículo 17 de la Ley 1751 de 2015.”

Teniendo en cuenta lo anterior, el médico u odontólogo tratante es competente para expedir el certificado de incapacidad o licencias siempre y cuando se encuentre inscrito en el ReTHUS, también los profesionales que estén prestando su servicio social obligatorio, los cuales deben encontrarse adscritos a un prestador de servicios de salud habilitado. Asimismo, es clara la norma en indicar que las incapacidades están sujetas a las normas de ética médica u odontológica y deben derivar de hechos reales los cuales deben estar consignados en la correspondiente epicrisis e historia clínica.

Respecto de las condiciones para el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común, el artículo 2.2.3.3.1 ibidem, indica lo siguiente:

“Artículo 2.2.3.3.1 Condiciones para el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común. Para el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común, deben acreditarse las siguientes condiciones al momento del inicio de la incapacidad:

  1. Estar afiliado al Sistema General de Seguridad Social en Salud, en calidad de cotizante, incluidos los pensionados con ingresos adicionales.
  • Haber cotizado efectivamente al Sistema General de Seguridad Social en Salud, como mínimo cuatro

(4) semanas, inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad, equivalente a 28 días. El tiempo mínimo de cotización se verificará a la fecha límite de pago del periodo de cotización en el que inicia la incapacidad.

  •  Contar con el certificado de incapacidad de origen común expedido por el médico de la red de la entidad promotora de salud o entidad adaptada o validado por esta.

No habrá lugar al reconocimiento de la prestación económica derivada de la incapacidad de origen común cuando esta última se origine en la atención por servicios o tecnologías excluidos de la financiación con recursos públicos asignados a la salud, según los criterios establecidos en la Ley 1751 de 2015, artículo 15, numerales a, b, c, d, e y f, y las normas que la modifiquen o regulen. (…)” (subraya fuera de texto)

De acuerdo con lo anterior, es claro que la incapacidad será reconocida por la Entidad Promotora de Salud o la Entidad Adaptada una vez ésta es expedida por el profesional adscrito o perteneciente a la misma, o cuando sea validada por la EPS o la Entidad Adaptada, caso en cual, dicha entidad deberá reconocer la prestación económica derivada de la incapacidad por enfermedad general, en la medida en que se haya cotizado en los términos previstos en el artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016.

De otra parte, frente a la transcripción de incapacidades, en el entendido que aplica frente a la expedición de una incapacidad por parte de médicos u odontólogos que no se encuentran

adscritos a la EPS o Entidad Adaptada del afiliado, el artículo 2.2.3.3.3 del referido decreto, indica:

“Artículo 2.2.3.3.3 Expedición de certificado de Incapacidad de origen común. El certificado de incapacidad por accidente o enfermedad de origen común debe ser expedido por el medico u odontólogo tratante, debidamente inscrito en el Registro Especial en Talento Humano de Salud — ReTHUS o por profesionales que se encuentren prestando su servicio social obligatorio provisional

La incapacidad expedida por el médico u odontólogo no adscrito a la red prestadora de servicios de salud de la entidad promotora de salud o entidad adaptada, será validada por la entidad a la cual se encuentra afiliado el cotizante y pagada por esta, siempre y cuando sea expedida por profesional médico u odontólogo inscrito en el Registro Especial en Talento Humano de Salud – ReTHUS, incluida su especialización, si cuenta con ella, o por profesional que se encuentre prestando el servicio social obligatorio provisional, y su presentación para validación en la EPS o entidad adaptada se realice dentro de los quince (15) días siguientes a su expedición, allegando con la solicitud, la epicrisis, si se trata de internación, o el resumen de la atención, cuando corresponde a servicios de consulta externa o atención ambulatoria.

Cuando, a juicio de la entidad promotora de salud o entidad adaptada, haya duda respecto de la incapacidad expedida por el médico u odontólogo no adscrito a su red, podrá someter a evaluación médica al afiliado por un profesional par, quien podrá desvirtuarla o aceptarla, sin perjuicio de la atención en salud que este requiera.

Transcurridos ocho (8) días hábiles sin que la EPS o entidad adaptada haya validado o sometido a evaluación médica al cotizante, estará obligada a reconocer y liquidar la incapacidad dentro de los quince (15) días hábiles siguientes a la presentación del certificado de incapacidad expedido por el medico u odontólogo no adscrito a su red, y a pagarla dentro de los cinco (5) días siguientes, siempre y cuando el afiliado cumpla con las condiciones del artículo 2.2.3.3.1 del presente Decreto.” (subraya y negrilla fuera de texto)

De acuerdo con lo anterior, la EPS o Entidad Adaptada tiene la facultad de validar las incapacidades expedidas por médicos u odontólogos no adscritos a la misma, sometiendo en caso de duda a evaluación médica al afiliado antes de ocho (8) días hábiles desde la presentación de la incapacidad, si esto no ocurriere, la EPS se encuentra en la obligación de reconocer y pagar dicha incapacidad. Este proceso de validación es el que comúnmente se conoce como transcripción.

·         Obligación del empleador frente al trámite de incapacidades

Respecto del trámite de la incapacidad, el Decreto Ley 019 de 20122, en su artículo 121 indica:

“ARTÍCULO 121. Trámite de reconocimiento de incapacidades y licencias de maternidad y paternidad. El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS. En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho reconocimiento.

Para efectos laborales, será obligación de los afiliados informar al empleador sobre la expedición de una incapacidad o licencia.” (Subrayado fuera de texto)

La Ley 1438 de 20113, dispone frente a la prescripción del derecho que le asiste al empleador para solicitar el reembolso de las prestaciones económicas, lo siguiente:

“ARTÍCULO 28. Prescripción del derecho a solicitar reembolso de prestaciones económicas. El derecho de los empleadores de solicitar a las Entidades Promotoras de Salud el reembolso del valor de las prestaciones económicas prescribe en el término de tres (3) años contados a partir de la fecha en que el empleador hizo el pago correspondiente al trabajador.” (Subrayado fuera de texto)

Así las cosas, las anteriores normas, disponen que será el empleador quien adelantará de manera directa ante las Empresas Promotoras de Salud o Entidad Adaptada, los trámites para el reconocimiento de las incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad o paternidad, y en todo caso, la responsabilidad que le asiste al empleado es informar a su empleador respecto de la existencia de la incapacidad o licencia.

RESPUESTA A SUS INTERROGANTES

En primer lugar, es preciso indicar que conforme lo previsto en el artículo 14 del Decreto 120 de 20265, este Ministerio tiene como finalidad primordial el fijar la política en materia de salud y protección social, planes generales, programas y proyectos del sector salud y del Sistema General de Seguridad Social en Salud – SGSSS, así como dictar las normas administrativas – técnicas y científicas de obligatorio cumplimiento para el mismo, según el artículo 7 del referido decreto, esta Dirección Jurídica tiene por competencia emitir conceptos sobre la aplicación de las normas del SGSSS, por consiguiente, los pronunciamientos que expide esta dependencia son de carácter general y no particular, por lo que no resuelven casos particulares ni constituyen prueba dentro de actuaciones administrativas o judiciales.

Hechas las anteriores precisiones, se procede a dar respuesta a los interrogantes planteados, previa transcripción de estos, así:

“1. Si es obligación del empleador realizar directamente el trámite de transcripción ante las EPS, conforme a lo indicado en el artículo citado.

2. Si, por el contrario, el trabajador debe realizar dicho trámite utilizando sus datos personales y autorizaciones de tratamiento de información.”

Como los anteriores planteamientos tienen unidad de materia se dará una sola respuesta así:

El artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 es claro al establecer que el trámite para el reconocimiento de incapacidades, lo cual incluye la solicitud de transcripción cuando aplique, debe ser adelantado de forma directa por el empleador ante las Entidades Promotoras de Salud o Entidades Adaptadas, razón por la cual y en ninguna circunstancia, ese trámite puede ser trasladado al trabajador. De acuerdo con la norma en comento, la única obligación exigible al trabajador es informar oportunamente a su empleador respecto de la existencia de la incapacidad.

“3. Si las EPS deben garantizar mecanismos o canales que permitan al empleador realizar este procedimiento de manera directa para efectos del reconocimiento y recobro de las incapacidades.”

Si bien el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 establece que el trámite para el reconocimiento de las incapacidades por enfermedad general y de las licencias de maternidad o paternidad debe ser adelantado directamente por el empleador ante las EPS o Entidades Adaptadas, dicha disposición no regula el procedimiento que deben observar dichas entidades para la recepción, validación o reconocimiento de tales solicitudes, ni determina los mecanismos a través de los cuales debe surtirse dicho trámite. En consecuencia, la norma se limita a identificar al empleador como sujeto responsable de adelantar la gestión correspondiente, sin desarrollar la forma en que las EPS deben instrumentar o gestionar estos procesos.

El presente concepto tiene el efecto determinado en el artículo 28 del Código del procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo, sustituido en su Título II, por el artículo 1 de la Ley 1755 de 2015, el cual establece que: “Salvo disposición legal en contrario, los conceptos emitidos por las autoridades como respuestas a peticiones realizadas en ejercicio del derecho a formular consultas no serán de obligatorio cumplimiento o ejecución”.

Cordialmente,

Notas:

  1. Por medio del cual se expide el Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social
  2. “Por el cual se dictan normas para suprimir o reformar regulaciones, procedimientos y trámites innecesarios existentes en la Administración Pública.”
  3. «Por medio de la cual se reforma el Sistema General de Seguridad Social en Salud y se dictan otras disposiciones».
  4. Artículo 1°. Objetivos. El Ministerio de Salud y Protección Social tendrá como objetivos, dentro del marco de sus competencias, formular, adoptar, dirigir, coordinar, ejecutar y evaluar la política pública en materia de salud, salud pública, y promoción social en salud, y participar en la formulación de las políticas en materia de pensiones, beneficios económicos periódicos y riesgos profesionales, lo cual se desarrollará a través de la institucionalidad que comprende el sector administrativo.
  5. El Ministerio de Salud y Protección Social dirigirá, orientará, coordinará y evaluará el Sistema General de Seguridad Social en Salud y el Sistema General de Riesgos Profesionales, en lo de su competencia, adicionalmente formulará, establecerá y definirá los lineamientos relacionados con los sistemas de información de la Protección Social.
  6. Por el cual se establece la estructura del Ministerio de Salud y Protección Social, se determinan sus funciones y se dictan otras disposiciones.

 
Puedes encontrar más información sobre: ¿Quién debe tramitar la transcripción de una incapacidad ante la EPS?, en minsalud.gov.co

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